Née en 1980 à Bamako, Fatoumata Diabaté a fait ses premières armes au Centre de formation audiovisuel Promo-Femmes, avant d'intégrer en 2002 le Centre de formation en photographie de Bamako. Ce parcours a été suivi d'un stage au centre d'enseignement professionnel de Vevey en Suisse.

Elle a ensuite participé à plusieurs expositions collectives à Bamako : Centre culturel français, Contours des 5e Rencontres africaines de la photographie de Bamako, Festival Théâtre des réalités. Elle a réalisé deux expositions individuelles présentées au Festival Visages francophones de Cahors, en France, et au Kornhaus Museum de Berne. En 2011, elle expose également à Rennes dans une exposition intitulée "Le Mali au féminin" et est retenue pour exposer sa série "L'homme en animal" lors de la dernière biennale de Bamako.

En 2005, elle a reçu le Prix Afrique en création de l'Institut français pour son travail intitulé Touaregs, en gestes et en mouvements, exposé lors des 6e Rencontres de Bamako.
En 2011, elle reçoit le prix de la Fondation Blachère lors de la Biennale de Bamako.