Christian Lelong est né à Paris en 1954. Il suit des études d'anthropologie africaine à l'EPHE (Sorbonne), de berbère à l'INLCO et de cinéma et anthropologie sociale à Nanterre, ou il rencontre Jean Rouch. Il se rend au Niger en 1975 et au Mali l'année suivante.

Puis, il s'installe en Haute Savoie où il fonde en 1986 la Compagnie de danse contemporaine Espace 90 et en 1993 Cinédoc, un lieu de formation, de production et de programmation de documentaires dans lequel il porte son idée du cinéma d'auteur indépendant.

En 2003, il réalise avec Pierre Mortimore son premier long métrage, Agadez Nomade FM, qui est présenté l'année suivante au Forum du Festival de Berlin.

Il réalise plusieurs documentaires pour la télévision, dont les derniers sont Justice à Agadez (2005) et Avec Damouré Zika, un acteur au pays de nulle part (2006). Amour, sexe et mobylette est son second long métrage pour le cinéma.

Il est décédé des suites d'une longue maladie le 11 octobre 2020 à Annecy.