La Biennale de Lyon est née d'un projet du Musée d'art contemporain de Lyon dirigé depuis sa création en 1984 par Thierry Raspail. Suite à quatre édition d'une manifestation annuelle intitulée "Octobre des arts" tenue par le Musée, Thierry Raspail organise en 1989 l'exposition "La couleur seule, l'Histoire du monochrome" qui remporte un franc succès et ouvre ainsi une brèche dessinant le potentiel de la Ville de Lyon à accueillir une grande manifestation d'art contemporain.

Une convergence de volontés et de moyens de la part de la ville qui souhaite vivement la création d'un événement autour de l'art contemporain à vocation internationale, et du Ministère de la Culture qui décide de relancer la Biennale de Paris interrompue depuis 1985, font émerger en 1991 la première édition de la Biennale d'art contemporain de Lyon : "L'amour de l'art" (commissariat : Thierry Raspail, Thierry Prat).

Le désir de créer une structure capable de se renouveler artistiquement tout en construisant sur le long terme un projet stable en lien avec le territoire, a donné lieu à la création du système original de la Biennale de Lyon ; une direction artistique construisant une problématique globale sur la durée, qui choisi à chaque édition un commissariat et lui donne l'espace et le temps de la Biennale pour exprimer et développer un projet, un concept, une réflexion : Harald Szeeman en 1997 pour "L'Autre", Jean-Hubert Martin en 2000 pour "Partages d'exotismes", le Consortium en 2003 pour "C'est arrivé demain", Stéphanie Moisdon et Hans Ulrich Obrist en 2007 pour "oo's ; l'histoire d'un décennie qui n'est pas encore nommée" et Hou Hanru en 2009 pour "Le spectacle du quotidien".

La place et le rôle du directeur artistique et le dialogue avec le commissaire varie en fonction des différents projets de Biennale. C'est le directeur artistique qui propose au commissaire une "problématique", incarnée le plus souvent, d'abord par un seul mot, construisant ainsi biennale après biennale la trame d'une réflexion sur l'art et le monde. Ensuite, le commissaire a carte blanche pour élaborer son propre projet.

La Biennale de Lyon est ainsi une véritable Biennale d'auteur et tel que le disait Jean-Hubert Martin, "une habile manière de faire traiter les thèmes à travers la personnalité d'autres".